Τα εγκαίνια της Αγια-Σοφιάς, τα θυρανοίξια, έγιναν στις 27 Δεκεμβρίου του 537 από τον Ιουστινιανό, ο οποίος βλέποντας την υπεροχή της Αγίας Σοφίας έναντι του ξακουστού ναού του Σολομώντα στην Ιερουσαλήμ, αναφώνησε: «Δόξα τω Θεώ τω καταξιώσαντί με τοιούτον έργον επιτελέσαι. Νενίκηκά σε Σολομών».
Για την ολοκλήρωση του κολοσσιαίου έργου δούλεψαν αδιάκοπα επί έξι χρόνια 10.000 τεχνίτες, ενώ το κόστος κατασκευής του ήταν περίπου 320 κεντηνάρια χρυσού (σχεδόν 2,5 δισ. ευρώ).
Από κάθε σημείο της αυτοκρατορίας (Βυζαντινής), έγινε προσφορές.Τα πράσινα μάρμαρα είναι από τη Μάνη και την Κάρυστο, τα τριανταφυλλιά από τη Φρυγία και τα κόκκινα από την Αίγυπτο. Από τον υπόλοιπο κόσμο προσφέρθηκαν τα πολύτιμα πετράδια, ο χρυσός, το ασήμι και το ελεφαντόδοντο, για τη διακόσμηση του εσωτερικού.
Τα εγκαίνια έγιναν στις 27 Δεκεμβρίου του 537 από τον Ιουστινιανό, ο οποίος βλέποντας την υπεροχή της Αγίας Σοφίας έναντι του ξακουστού ναού του Σολομώντα στην Ιερουσαλήμ, αναφώνησε: «Δόξα τω Θεώ τω καταξιώσαντί με τοιούτον έργον επιτελέσαι. Νενίκηκά σε Σολομών».
Κανένας από τους δύο δημιουργούς της Αγίας Σοφίας, οι αρχιτέκτονες Ανθέμιος και Ισίδωρος, δεν ευτύχησε να δει το έργο τελειωμένο, καθώς πέθαναν πριν από την ολοκλήρωσή της.
Για περίπου χίλια χρόνια (537-1453 μΧ), η Αγία Σοφία ήταν το κέντρο της πολιτικής, εκκλησιαστικής και πνευματικής ζωής της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας.
Η Αγία Σοφία υπήρξε το ορόσημο της Βασιλεύουσας, η οποία για περισσότερο από μια χιλιετία ήταν ένα από τα μεγαλύτερα αστικά κέντρα του Χριστιανισμού. Στην καρδιά της Πόλης δέσποζε ο ναός της Αγίας Σοφίας, αφιερωμένος στη σοφία του Θεού.
Ταυτόχρονα, ένας άλλος εντυπωσιακός κόσμος, ανάλογος ίσως του σπουδαίου αρχιτεκτονικού οικοδομήματος βρίσκεται κρυμμένος στα υπόγεια της περίφημης Αγίας Σοφίας.
Υπάρχουν στοιχεία για την ύπαρξη εκτεταμένου υπόγειου χώρου κάτω από το υπέδαφος της Αγίας Σοφίας. Για παράδειγμα, είναι γνωστό ότι υπήρχαν κρύπτες και κατακόμβες κατά την πρώτη Χριστιανική περίοδο. Η συνήθεια των Χριστιανών να θάβουν τους νεκρούς τους σε μυστικά οστεοφυλάκια και κρύπτες κάτω από τη εκκλησία ήταν πολύ χαρακτηριστική και έμοιαζε με την παγανιστική συνήθεια να θάβουν τους νεκρούς τους έξω από τα τείχη της πόλης
Άλλωστε, δύο από τις σπουδαιότερες χριστιανικές εκκλησίες του 6ου αιώνα μ.Χ, η εκκλησία του Αγίου Πέτρου στην Ρώμη και ο Πανάγιος Τάφος στην Ιερουσαλήμ είχαν επίσης κρύπτες. Ο Άγιος Πέτρος χτίστηκε πάνω από ένα κοιμητήριο και κοντά σε έναν Ετρουσκικό ναό, ενώ ο Πανάγιος Τάφος χτίστηκε πάνω από έναν ναό αφιερωμένο στην θέα Αφροδίτη.
Καθώς η Αγία Σοφία ήταν μια από τις σημαντικότερες εκκλησίες του Χριστιανισμού είναι εύλογο να υπάρχει ανάλογος υπόγειος χώρος, όπως ακριβώς με τις δύο προαναφερθείσες εκκλησίες. Επίσης είναι πιθανό, όπως συνέβαινε με τις δυο εκκλησίες στη Ρώμη και την Ιερουσαλήμ, έτσι και η Αγία Σοφία να χτίστηκε πάνω από παγανιστικό ναό.
Παρόλα αυτά, ελάχιστα πράγματα γνωρίζουμε για το τι ακριβώς βρίσκεται κάτω από την εκκλησία παρά τις εκτεταμένες έρευνες που ξεκίνησαν το 1935.
Σύμφωνα με έναν μύθο, ο Σατανάς φυλακίστηκε κάτω από την Αγία Σοφία, ενώ σύμφωνα με άλλον μύθο κάποιοι ιερείς έκρυψαν βυζαντινά κειμήλια σε κρύπτες κάτω από την εκκλησία λίγο πριν από την άλωση της Πόλης.
